Luego de terminar cada decanato, había asamblea decanal, y finalmente la asamblea diocesana. Hay en este tiempo 6 institutos de vida religiosa femenina. Se conforman los organismos necesarios para la estructura pastoral, la Curia diocesana y la Formación de Seminaristas y del Presbiterio. Es un ministerio fructífero y dinamizador.
El 28 de enero de 2006 cambian a Monseñor Rodrigo Aguilar a la Diócesis de Tehuacán, en Puebla. Actualmente Obispo de la Diócesis de San Cristóbal de las Casas, en Chiapas.
Monseñor Lucas Martínez Lara
Ante el cambio del Sr. Obispo Monseñor Rodrigo, por lo tanto la Diócesis queda en sede vacante, del 28 de enero de 2006 al 5 de octubre de 2006 cuando es designado por su santidad Benedicto XVI, como Obispo de la Diócesis al Presbítero Lucas Martínez Lara, hasta entonces párroco de Santa Catarina de Alejandría en Ríoverde, SLP de la Arquidiócesis de San Luis Potosí.
Siendo su ordenación Episcopal el 14 de diciembre de 2006 e inicia Monseñor Lucas Martínez Lara, su ministerio Episcopal como el segundo Obispo la Diócesis de Matehuala. Su ministerio, caracterizado por la preocupación de la comunión del presbiterio y en lo pastoral, formar al pueblo de Dios la conciencia de ser una Iglesia Sacramental, Ministerial y Misionera. Muere Monseñor Lucas Martínez Lara el 9 de abril de 2016.
En el periodo de Sede Vacante Don Jesús Carlos Cabrero Romero, Arzobispo de San Luis Potosí, queda como Administrador Apostólico, atendiendo esta Iglesia local de Matehuala con aprecio y cariño. Estando presente en lo pastoral, jurídico y sacerdotal, muy cercano con los laicos y atento a las necesidades más apremiantes de la Diócesis durante más de dos años. La Diócesis de Matehuala queda en sede Vacante, del 9 de abril de 2016 hasta el 24 de mayo de 2018, cuando es nombrado por su santidad el papa Francisco al Presbítero Margarito Salazar Cárdenas del clero de la Diócesis de Matamoros, su ordenación Episcopal el 24 de mayo de 2018, en la Iglesia Catedral de la Inmaculada Concepción.
Monseñor Margarito Salazar Cárdenas
Es nombrado el 3 de marzo de 2018 Obispo de la Diócesis de Matehuala, el Presbítero Margarito Salazar Cárdenas del clero diocesano de Matamoros.
Es ordenado Obispo el 24 de mayo de 2018 e inicia su ministerio episcopal en la Diócesis de Matehuala hasta la fecha, con gran entusiasmo de guiar al pueblo de Dios, que peregrina en esta Iglesia local de Matehuala.